EPISODIO 01: PRÓLOGO + SUPERESPARTANO i

En una redada en una reunión con un representante extranjero sospechosa de corrupción y actividades delictivas, Daisuke Aramaki, de Seguridad Pública, se encuentra con una misteriosa cyborg, quien se presenta como Motoko Kusanagi y le propone al ministro de Asuntos Internos crear una nueva unidad de fuerzas especiales. Aramaki le pide a Kusanagi que investigue algo.

EPISODIO 02: SUPERESPARTANO ii + JUNGLA CHATARRA i

Kusanagi y su equipo comienzan a operar como el Escuadrón Shell (Shell Squad) tras ser reclutados por Aramaki. Momentos después, el cerebro cibernético del intérprete del Ministro de Relaciones Exteriores es infectado por un virus. Aramaki sospecha que el Coronel Malles, quien vive exiliado en el país, está intentando interferir con una reunión secreta. Aramaki ordena a Kusanagi rastrear el hackeo para encontrar al culpable.

EPISODIO 03: JUNK JUNGLE ii + MEGATECH MACHINE i + ii

Kusanagi y Togusa detienen a su sospechoso después de una furiosa persecución en sus Fuchikomas. En otra parte, Aramaki y Batou están vigilando al coronel Malles cuando recibe la visita de alguien que sospechan que es el Puppet Master, el hacker que liberó el virus por orden suya.

EPISODIO 04: ROBOT RONDO

Ha habido una serie de ataques contra humanos por parte de robots de muestra promocionales. El equipo de Kusanagi reúne robots de esa misma línea de modelos y descubre que todos comparten un rasgo común. Batou y Togusa se dirigen a Hanka Precision Instruments, donde se fabrican, para determinar qué hay detrás de los ataques.

EPISODIO 05: FONDO FANTASMA

Kusanagi y el equipo van al Lejano Norte para vigilar a un cyborg de combate llamado Koil Krasnov. Para determinar qué busca Koil y descubrir la corrupción detrás de la expansión de la fábrica subterránea de Sagawa Electronics, Kusanagi se infiltra en las oficinas de Sagawa mientras Batou y el resto se dirigen a la fábrica subterránea.

EPISODIO 06: TRUEQUE TONTO

Kusanagi y su novio son llevados de urgencia al hospital después de ser atacados sin previo aviso. Sospechan de Toru Soma, un terrorista con el que Kusanagi tiene antecedentes. Kusanagi y Togusa abandonan el hospital y, tras llevar a sus perseguidores a una persecución, se encuentran en una feroz batalla contra un grupo armado en una fábrica abandonada.

EPISODIO 08: INTERMISIÓN + DRENAJE DE CEREBROS i

Kusanagi recupera la conciencia después de una inmersión cerebral en el Titiritero. Aunque ahora saben la verdad detrás de lo sucedido, Kusanagi sigue sintiendo la presencia del Titiritero de vez en cuando. El Shell Squad asalta un barco utilizado por una célula terrorista y Kusanagi mata a tiros por error a su líder.

EPISODIO 09: FUGA DE CEREBROS ii

Un desconocido filtra las imágenes del incidente a los medios de comunicación y Kusanagi es acusado de asesinar al terrorista a sangre fría. Kusanagi, sospechando que el servicio de inteligencia Ghorantl está moviendo los hilos detrás de escena, lleva a cabo una investigación en solitario, pero se ve enjuiciada.

Episodio 10